Η Μαρία Παπαφίλη γεννήθηκε στην Κόρινθο.

1979-1987: Σπουδάζει Ζωγραφική στην Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας με δασκάλους τους Δ. Μυταρά, Ι. Μόραλη και Μ. Λαμπράκη-Πλάκα στην Ιστορία της Τέχνης. τον Γ. Ξυνόπουλο στην Νωπογραφία και Τέχνη Φορητής Εικόνας, τον Ι. Κολέφα στο Ψηφιδωτό. Πτυχίο με «άριστα». Υποτροφίες, κατά την διάρκεια των σπουδών στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας, του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών.

1985-1991: Υποτροφία του Κληροδοτήματος Σπύρου Βικάτου, στην Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας, για σπουδές στο Παρίσι.

1985 -1989 : Παρακολουθεί το Εργαστήριο Σχεδίου και Ζωγραφικής στην Ecole Nationale Supérieure des Beaux-Arts de Paris με δάσκαλο τον Vladimir Velickovik.

1985-1989 : Σπουδάζει στην Ecole Nationale Superieure des Arts Décoratifs de Paris όπου παρακολουθεί: Τέχνη -χώρος με δάσκαλο τον S. Viquee, Ζωγραφική με δάσκαλο τον D. Rival, Χαρακτική και Μεταξοτυπία με δασκάλους τους Sert, Clerte, Michas, Πρόπλασμα και Μάσκα Θεάτρου με τον J. Maury, Κριτική Τέχνης με τον J.H. Ferrier, Ιστορία Τέχνης, Επικαιρότητα Τέχνης με τον Ρ. Cabanne. Πτυχίο με «πολύ καλά».

1988 -1993 : Μεταπτυχιακό ”Δίπλωμα Προχωρημένων Σπουδών” ”D.E.A”. στην Φιλοσοφία και Ιστορία Τέχνης στη Σορβόννη (Paris 1 Ρantheon Sorbonne). Πτυχίο με «άριστα».

1995: Υποτροφία της Bosch Gallery (Αθήνα) για σπουδές στην Γερμανία.